Trybunał uznał, że polskie państwo nie ustaliło jednoznacznych procedur, które pozwoliłby lekarzowi na upewnienie się co do konieczności przeprowadzenia legalnej aborcji. W uzasadnieniu podkreślono, że zagrożenie karą więzienia za przerwanie ciąży niezgodnie z prawem powoduje, iż lekarze boją się przeprowadzać legalne zabiegi. Władza ustawodawcza zalegalizowała aborcję w pewnych sytuacjach, ale nie zapewniła ram organizacyjnych, aby decyzja o wykonaniu tej procedury mogła zostać podjęta odpowiednio szybko. Co więcej, pacjentka, której lekarze odmówią wykonania zabiegu, nie ma możliwości odwołania się od ich decyzji.
Sędziowie orzekli, że państwo polskie nie spełniło swojego pozytywnego obowiązku zabezpieczenia prawa do poszanowania życia prywatnego Alicji Tysiąc w kontekście sporu o to, czy była uprawniona do aborcji terapeutycznej. Zapewnienie jedynie środków prawnych dotyczących określenia odpowiedzialności po stronie personelu medycznego, mających jedynie moc wsteczną, uznano za niewystarczające.