Meningokokowe zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych U połowy chorych inwazyjna choroba meningokokowa przebiega jako zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych. Choroba początkowo może objawiać się gorączką, silnym i narastającym bólem głowy, sztywnością karku i innymi objawami oponowymi, nudnościami, wymiotami, światłowstrętem, napadem drgawkowym oraz zaburzeniami świadomości. U niemowląt i małych dzieci objawy mogą być bardziej niespecyficzne, a choroba może objawiać się utratą apetytu, wymiotami, biegunką, rozdrażnieniem, nadmierną płaczliwością, nadmierną sennością i brakiem zainteresowania otoczeniem. W późniejszym stadium może pojawić się powiększenie i napięcie ciemiączka. Śmiertelność w tej postaci klinicznej jest oceniana na 5–10% przypadków.
Meningokokowe zapalenie płuc Około 5–15% przypadków inwazyjnej choroby meningokokowej może przebiegać jako zapalenie płuc. Postać jest zwykle związana z serogrupą Y. Postać często jest poprzedzona infekcją górnych dróg oddechowych.