W 1933 zakupiona została kamienica przy ulicy Matejki 1, która do dziś pełni funkcję plebanii.
Represje powiązane z bydgoską krwawą niedzielą, pociągnęły za sobą wiele ofiar, m.in. Kazimierz Stepczyńskiego, rozstrzelanego w nieznanym miejscu na początku listopada 1939 roku. Po aresztowaniu proboszcza, administratorem kościoła został Czesław Rólski (od 1932 roku wikariusz w parafii NSPJ).
We wrześniu 1946 proboszczem mianowany został Jan Konopczyński. Podczas posługi usunął zniszczenia wojenne, uporządkował cmentarz, założył w kościele centralne ogrzewanie. 23 października 1950 roku aresztowany został przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa. Na wolność po długich staraniach rodziny, oraz parafian, wypuszczony został na początku 1951 roku.
W 1952 do parafii przybyły siostry elżbietanki. Zajęły się pomocą charytatywną, katechizacją, oraz organizacją uroczystości kościelnych.
Po śmierci Jana Konopczyńskiego proboszczem został ks. Antoni Majchrzak (zm. 27 sierpnia 1983).
Od 1982 do 2010 roku proboszczem był ks. Bogdan Jaskólski.