W swoich zbiorach Zachara układał utwory np. we wszystkich tonacjach durowych oraz molowych. Skomponował przynajmniej 3 sonaty fortepianowe, ale niestety ocalały tylko fragmenty z opusu 75, 80 i 81. Do tej pory wydawana jest jego Sonata na klarnet i fortepian op. 72 nr 1 (Leblanc Publications, 1964). Utwory Franciszka Zachary były wydane przez: Gamble Music Co., Theodore Presser Co., Leblanc Publications Inc., Music Publisher’s Holding Corp., Remick, G. Schirmer, Shattinger Piano & Music Co., and Southern Music Co., natomiast nagrania (na płycie LP) utworów Liszta, Chopina, Delibes-Dohnányi, oraz Straussa-Zachary zostały wykonane przez Transphono/Ohio Recording Service.
System numeracji kompozycji był opracowany przez samego kompozytora i używany do lat 50. XX wieku. Obecnie (2008) trwa katalogowanie wszystkich prac Franciszka Zachary.