O dużej randze klasztoru świadczy też fakt, iż od 1214 mieszkały tu i wychowywały się przez kilka lat królewny czeskie – Agnieszka, późniejsza święta wraz z siostrą Anną późniejszą żoną Henryka Pobożnego. Od samego początku bazylika stała się mauzoleum Piastów śląskich, w sumie pochowano tu 22 przedstawicieli tego rodu, m.in. w 1238 – księcia wrocławskiego i krakowskiego Henryka I Brodatego, wcześniej także ks. Konrada Kędzierzawego, małoletniego syna Henryka Brodatego, a w 1267 św. Jadwigę. Obecnie większość z nich leży w podziemiach kaplicy św. Jadwigi.
Najazdy husytów połączone z dewastacją klasztoru i majątków klasztornych w 1432 i 1433, a następnie zniszczenia w 1475 dokonane przez węgierską armię Korwina zapoczątkowały długotrwały okres upadku i stagnacji klasztoru, utrwalony przez uwikłanie się Śląska w spory religijne związane z ekspansją protestantyzmu. Z nielicznych dzieł sztuki zamówionych w XVI w. przetrwała głównie wczesnorenesansowa chrzcielnica z początku XVI w. i kilka epitafiów.
16 lipca 1464 roku, na skutek uderzenia pioruna w kościół, zniszczony został dach kaplicy św. Jadwigi, jednak klasztor wtedy ocalał.