Upamiętnienie Imieniem Zygmunta Czubińskiego nazwano: cztery rezerwaty przyrody (m.in. w ramach Wolińskiego Parku Narodowego, rezerwat przyrody Cisów im. prof. Zygmunta Czubińskiego, rezerwat przyrody Brzęki im. Zygmunta Czubińskiego) salę wykładową w pawilonie ekspozycyjno-dydaktycznym w Ogrodzie Botanicznym UAM ulice w Gdańsku i Zielonej Górze.
Nadleśnictwo Czerniejewo uczciło pamięć głazem narzutowym z tablicą prof. Z. Czubińskiego (Obręb Czerniejewo – oddz. 236)Program ochrony przyrody, Plan urządzenia lasu Nadleśnictwa Czerniejewo, 12.08.2009 [dostęp 15 maja 2012]
W rezerwacie przyrody Jezioro Drążynek, będącym fragmentem parku krajobrazowym Promno, ustawiono kamień poświęcony pamięci prof. Zygmunta Czubińskiego, który zbadał florę mszaków tego terenu.
W 2000 r. podczas Walnego Zebrania Członków Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Botanicznego ustanowiono Medal im. Profesora Zygmunta Czubińskiego. Pomysłodawcą Medalu był prof. Janusz Bogdan Faliński. Medal jest wyróżnieniem honorowym, przyznawanym za wybitne prace naukowe mające charakter regionalnych monografii geobotanicznych, których podstawą jest oryginalna koncepcja naukowa. Po raz pierwszy wyróżnienia wręczono w 2001 roku na Ogólnopolskim Zjeździe PTB w Poznaniu.