W ciągu pół roku w Barcelonie B, młody napastnik 10 razy trafił do siatki rywali i został najlepszym strzelcem drużyny.
FC Barcelona 2006/07 W pierwszej drużynie zadebiutował 24 kwietnia 2007 roku, w wygranym 4:0 towarzyskim meczu ze zwycięzcą Afrykańskiej Ligi Mistrzów Al-Ahly Kair i strzelił bramkę. Miał wtedy 16 lat i osiem miesięcy, w związku z czym został czwartym najmłodszym debiutantem w historii klubu.
W związku ze spadkiem drużyny FC Barcelona B do niższej klasy rozgrywkowej (od sezonu 2007/2008 Tercera División), rozważano wypożyczenie zawodnika do innego zespołu. Spekulowano, że może to być AS Saint-Étienne, lub Celta Vigo prowadzona wtedy przez byłą gwiazdę Barcelony Christo Stoiczkowa.
2007/08 1 lipca 2007 roku Bojan został włączony do pierwszej drużyny FC Barcelona. Podczas letnich przygotowań przed sezonem 2007/08 zebrał pozytywne recenzje za grę w meczach przeciwko Dundee United i Heart of Midlothian F.C. 16 września, w meczu z CA Osasuna, zadebiutował w rozgrywkach Primera División, zmieniając w 78. minucie Giovaniego dos Santosa i stał się najmłodszym debiutantem FC Barcelona w lidze w historii (17 lat i 19 dni).