2008/09 Wraz z przyjściem do klubu nowego trenera Josepa Guardioli pozycja Bojana w drużynie nieco osłabła co nie zmienia faktu, że miał on udział w zdobyciu przez FC Barcelonę potrójnej korony, czyli zwycięstwie w trzech najważniejszych rozgrywkach: Pucharze Króla, Primera División i Lidze Mistrzów. Bojan strzelił jedną z bramek w meczu finału Pucharu Króla przyczyniając się do wspaniałego zwycięstwa 4:1 nad Athletic Bilbao.
2009/10 Sezon ten rozpoczął z drużyną od zdobycia trzech kolejnych tytułów: Superpucharu Hiszpanii (mecz przeciwko Athletic Bilbao), Superpucharu Europy (Szachtar Donieck) i Klubowego Mistrzostwa Świata (finałowy mecz przeciwko Estudiantes La Plata). Bojan pozostawał jednak w cieniu swych kolegów z ataku, a trener był przez niektórych krytykowany za brak częstych występów młodego reprezentanta Hiszpanii. Jednym z najbardziej pamiętnych momentów dla Krkicia w tym sezonie, był jego nieuznany gol, strzelony w końcówce rewanżowego meczu 1/2 Champions League z Interem.