Centralnym organem administracji wojskowej i głównym organem zarzadzania operacyjnego jest Sztab Generalny, a elementami systemu dowodzenia i kierowania są specjalistyczne dowództwa: trójkomponentowe Dowództwo Strategicznych Sił Jądrowych, Dowództwo Sił Konwencjonalnych z okręgowymi dowództwami operacyjno-strategicznymi, Dowództwo „Północ” – Grupa Wojsk Arktycznych, Dowództwo Wojsk Powietrzno-Kosmicznych, Dowództwo Sił Szybkiego Reagowania oraz Dowództwo Sił Operacji Specjalnych z komponentami Ministerstwa Sytuacji Nadzwyczajnych oraz Ministerstwa Spraw Wewnętrznych.
Wojska Federacji Rosyjskiej podzielone są na 5 okręgów wojskowych, tj. Zachodni Okręg Wojskowy, Południowy, Centralny, Wschodni i Flota PółnocnaУказ Президента РФ от 05.06.2020 N 374 „О военно-административном делении Российской Федерации”..
W skład Marynarki Wojennej Federacji Rosyjskiej wchodzi 5 Flot – Bałtycka (dowództwo w Bałtijsku), Północna (dowództwo w Siewieromorsku), Oceanu Spokojnego (dowództwo we Władywostoku) i Czarnomorska (dowództwo w Sewastopolu) – oraz Flotylla Kaspijska (dowództwo w Astrachaniu).