Było rzeczą oczywistą, że kobieta w ówczesnych warunkach prawa dynastycznego nie mogła odziedziczyć tronu. Dlatego Franciszek Ferdynand postanowił zmienić prawo dziedziczenia na semisalickie tak, aby jego córka mogła zostać księżną Modeny. Napotkał się jednak na zdecydowany opór cesarza, obawiającego się utraty przez dynastię posiadłości we Włoszech. Ponadto szybka i niespodziewana śmierć księżniczki Anny spowodowała u Franciszka depresję i rezygnację z powziętych planów.

W konsekwencji, kiedy Franciszek objął tron książęcy (21 stycznia 1846), następcą został jego młodszy brat Ferdynand Karol.

Po śmierci swojej kuzynki – cesarzowej Marii Ludwiki (18 grudnia 1847) odziedziczył tytuł Diuka Guastalli. W 1859 jego księstwo zostało najechane przez króla Sardynii – Wiktora Emanuela II, rok później zaś włączono je do nowo powstałego Królestwa Włoch. Franciszek powrócił do Austrii i żył tam prawie do śmierci.

Jakobicki pretendent Po śmierci swojej matki w 1840, Franciszek został jakobickim pretendentem do tronu Anglii i Szkocji jako Franciszek I. On sam nie wysunął żadnych oficjalnych roszczeń do korony. Po jego bezpotomnej śmierci, „tron” odziedziczyła jako „Maria IV (III)”, jego bratanica – Maria Teresa Henrietta Dorota, królowa Bawarii.