Eck kontynuował działalność polemiczną przeciwko reformatorom. Oprócz obowiązków związanych z działalnością inkwizycji, co roku wydawał co najmniej jedno dzieło polemiczne, w którym bronił m.in. katolicką naukę o Mszy św., czyśćcu, odpustach, kulcie obrazów, spowiedzi usznej. W 1525 roku wydał w Landshut swoje słynne dzieło przeciwko Melanchtonowi i Zwingliemu, zatytułowane Enchiridion locorum communium adversus Lutherum et alios hostes ecclesiae, które do 1576 roku ukazało się w 46 wydaniach.
W okresie od 21 maja do 18 czerwca 1526 roku brał udział w publicznej debacie na temat nauki o transsubstancjacji przeciwko szwajcarskiemu reformatorowi Oekolampadiusowi. Dysputa ta zakończyła się zdecydowanym zwycięstwem Ecka, który po tym nakłonił władze do wszczęcia prześladowań przeciwko Zwingliemu i jego zwolennikom.
W styczniu 1528 roku odbyła się w Bernie kolejna dysputa teologiczna, gdzie pod nieobecność Ecka wygrali zdecydowanie reformatorzy.