jednak po kilku miesiącach na Sejmie w Ratyzbonie zmienił swoje stanowisko na całkowicie przeciwne.
Ostatnim ważnym etapem działalności Ecka był jego konflikt z Martinem Bucerem, dotyczącym antykatolickiej wymowy relacji Bucera o obradach sejmu w Ratyzbonie w 1541 roku.
Antysemityzm Ecka W 1541 roku Eck opublikował polemikę przeciwko zaleceniom norymberskiego reformatora Andreasa Osiandra, który zwalczał średniowieczne uprzedzenia wobec Żydów i oskarżanie ich o mordowanie dzieci chrześcijańskich, bezczeszczenie hostii i zatruwanie studni. Eck w swej polemice zatytułowanej Ains Juden-büechlins Verlegung oskarżał Osiandra o ochranianie Żydów, nazwał go „żydowskim ojcem” i nie mniej niż 19 razy szydził z Żydów, nazywając ich „bluźnierczą rasą” (cyt. według Heiko A. Oberman, The Roots of Antisemitism in the Age of Renaissance and Reformation, tr. James I. Porter, Philadelphia: Fortress Press, 1984, s. 4-5, 17, 36-37, 42, 46-47, 58, 72-73, 87, 91, 101, 121, 135).
Stosunek Ecka do Żydów nie wyróżniał się spośród mu współczesnych. Pisma o wydźwięku antyżydowskim wychodziły m.in.