1946), z którą miał dwie córki: Justynę Służewską (1898–1928), malarkę zmarłą na tyfus, oraz Halinę Rostafińską-Choynowską (1897–1979), autorkę opowiadań i audycji radiowych dla dzieci.
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (30 kwietnia 1925)M.P. z 1925 r. nr 102, poz. 434 „za zasługi na polu pracy naukowej”.
Upamiętnienie W 1950 wmurowano w kościele św. Anny w Krakowie tablicę pamiątkową poświęconą prof. Józefowi Rostafińskiemu.
Imieniem Józefa Rostafińskiego nazwano ulice w Krakowie, Warszawie i Wrocławiu.
Publikacje 1874: Śluzowce (Mycetozoa), Monografia, Pamiętnik Towarzystwa Nauk Ścisłych w Paryżu T. 5 1877: O podzielności jaja (Mn a ovi natura) i zapłodnieniu u morszczynów 1887: Polska z czasów przedhistorycznych pod względem fizjograficznym 1894: Zielnik czarodziejski to jest zbiór przesądów o roślinach, ZWAK, t. 18, s. 21 1888: Nasza literatura botaniczna XVI w. oraz jej autorowie lub tłomacze: studyjum krytyczne 1896: Ludzie i świat Algieru 1900: Średniowieczna historia naturalna w Polsce (tom 1–2) 1900: Medycyna na Uniwersytecie Jagiellońskim w XV wieku. Szkic źródłowy i krytyczny 1900: Słownik polskich imion rodzajów roślin 1921: Początki botaniki oparte na opisie roślin.