Protokół SSL ma szczególną rolę. Może zostać umieszczony pomiędzy każdym połączeniowym protokołem warstwy aplikacji a TCP. Dzięki jego wykorzystaniu dane przesyłane przez aplikacje mogą zostać zaszyfrowane.
Niektóre protokoły z warstwy aplikacji, jak np. SMB nie działają zwykle w Internecie. Są wykorzystane w sieciach lokalnych do udostępniania usług, jak np. zdalne drukarki czy dyski.
W systemie GNU/Linux oraz innych odpowiednikach Uniksa dokładną listę protokołów transportowych można znaleźć w pliku: /etc/protocols, a listę protokołów z warstwy aplikacji w pliku /etc/services.