Stanowiące wykład jego poglądów dzieło Instututiones medicae uważane jest często za pierwszy podręcznik fizjologii.
Boerhaave uważany jest za pioniera szkoły klinicznej oraz za jednego z ojców szpitali klinicznych i nowoczesnego nauczania medycyny. Polegało ono między innymi na nauce studentów przy łóżku chorego, a nie jedynie na salach wykładowych – przy Uniwersytecie w Lejdzie stworzył pierwszy kliniczny oddział szpitalny. Zwracał uwagę na związek między objawami, a zmianami patologicznymi z czego miała wynikać konieczność udziału studentów w sekcjach zwłok, jako najlepsza metoda obserwowania korelacji między zaobserwowanymi zmianami a objawami choroby. Wprowadził też do nauki i praktyki medycyny posiedzenia kliniczno-patologiczne.
Jego uczniami byli m.in. Gerard van Swieten i Albrecht von Haller.
Dzieła mały|Aphorismi de cognoscendis et curandis morbis, 1728 Institutiones medicae (1708) Aphorismi de cognoscendis et curandis morbis (1709) De chemia suos errores expurgante (1718) Libellus de materie medica et remediorum formulis quae serviunt Aphorismis de cognoscendis et curandis morbis (1719) Index alter plantarum quae in horto academico Lugduno-Batavo aluntur (1720) Institutiones et experimenta Chemiae (1724;