9 grudnia 1900 roku mianowany na stopień generała kawalerii.
Od 8 czerwca 1905 Przewodniczący Rady Obrony Państwa (ROP, Совет Государственной Обороны), koordynował działania wyższych dowództw, uzgadniał działania między siłami zbrojnymi a ministerstwami, brał udział w wyborze kandydatów na stanowiska dowódców armii i flot, dowódców korpusów i dywizji, wydawał nowe regulaminy operacyjne. Od 26 października 1905 roku do rozpoczęcia I wojny światowej Naczelny Dowódca Wojsk Gwardii i Petersburskiego Okręgu Wojskowego (ówcześnie stołecznego). Od 28 lutego 1909 przewodniczący Ogólnorosyjskiego Zebrania Oficerskiego armii i flot. 25 czerwca 1905 doprowadził do wydzielenia Sztabu Generalnego z ministerstwa wojny. Będąc na stanowisku przewodniczącego ROP wchodził w kompetencje ministrów wojny i floty.
I wojna światowa Po wybuchu I wojny światowej został 20 lipca 1914 wyznaczony naczelnym dowódcą wojsk rosyjskich. W celu sprawnego kierowania wojskami zorganizowano u boku wielkiego księcia Stawkę i sztab w Baranowiczach, z szefem sztabu gen. N. N. Januszkiewiczem i gen. kwatermistrzem J. M. Daniłowem na czele. To właśnie gen. Daniłow odegrał główną rolę w planowaniu operacji, szczególnie na pierwszym etapie wojny.