Również w 1997 roku, z powodu azjatyckiego kryzysu finansowego Garuda Indonesia zostały zmuszone do redukcji połączeń, co zbiegło się z wydarzeniami kolejnych lat, kiedy ruch turystyczny do krajów azjatyckich znacznie zmalał, przez takie wydarzenia jak: ataki na World Trade Center w 2001, zamachy bombowe na Bali w 2002 czy trzęsienie ziemi na Oceanie Indyjskim w 2004.
2000–2009: Utracona reputacja i zakaz lotów do Europy W 2001 Garuda Indonesia otworzyła filię, tanie linie lotnicze Citilink, do obsługi lotów krajowych z pomocą pięciu samolotów Fokker F28. W 2007 Unia Europejska wydała przewoźnikowi zakaz lotów nad Europą, jak również pozostałym indonezyjskim liniom lotniczym, w następstwie katastrofy Boeinga 737-400Indonesian carriers banned from EU|www.upi.com.. Przewodniczący Europejskiej Komisji Bezpieczeństwa Lotów Federico Grandini zapowiedział rozpatrzenie zakazu. W sierpniu 2007 minister transportu Indonezji ogłosił, że Unia Europejska powinna zdjąć zakaz lotów w okolicach października. Ostatecznie zakaz został odwołany w lipcu 2009, zarówno dla Garuda Indonesia, jak i trzech innych linii lotniczych.