Obecnie w kościele znajduje się Diecezjalny Ośrodek Duszpasterstwa oraz Centrum Kultury Chrześcijańskiej.
Wyposażenie przed 1945 Ołtarz główny ufundowany został w roku 1646 przez mistrza garncarskiego David Guttrechta. Tematem ołtarza była scena Ukrzyżowania. Ozdabiały go dwie duże białe kolumny, a obok nich znajdowały się postacie apostołów św. Piotra i św. Pawła. Nad sceną Ukrzyżowania górował obraz Chrystusa Zmartwychwstałego, a na samej górze – postać Chrystusa powracającego jako sędzia żywych i umarłych.
thumb|Wnętrze kościoła przed 1945 rokiem Ambona stojąca w pobliżu ołtarza, wsparta była na podstawie przedstawiającej Mojżesza z dwoma tablicami przykazań. Nad amboną była gołębica - symbol Ducha Świętego.
Najcenniejszymi przedmiotami w kościele były: krucyfiks z roku 1538, przedstawiają postać Chrystusa z głową skłonioną na ramieniu oraz znajdująca się na emporze organowej gotycka figura Matka Bożej.
Organy 10-głosowe zajmujące całą szerokość świątyni zostały ufundowane w 1716 roku przez Johanna J. Kettlera wypędzonego z Elbląga mieszczanina, który został dyrektorem faktorii Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej. W 1882 zostały one poddane renowacji, rozbudowane i poświęcone 29 października 1882.