Konserwacja i adaptacja na muzeum Zniszczony pałac w 1996 został przekazany Muzeum Narodowemu w Krakowie, w latach 1999–2006 dokonano kompleksowej rewaloryzacji obiektu. Obiekt zaadaptowano na cele muzealne, jednakże zachowując obiektowi częściowo charakter pałacowy. W 2007 roku w salach utworzono dwie galerie, sztuki dawnej do XVIII wieku (na piętrze) oraz sztuki cerkiewnej (na parterze). Ponadto w pałacu mieści się pracownia konserwacji malarstwa i rzeźby. Po remoncie muzeum zostało otwarte 18 października 2007, a udostępnione zwiedzającym dzień później.
Projekt konserwatorski sporządzony dla pałacu na podstawie konsultacji Andrzeja Fischingera planowany na lata 2003–2007 przewidział ponowne otwarcie zamurowanej monumentalnej dwunawowej sieni, przywrócenie późnogotyckich i renesansowych obramowań okiennych z wykorzystaniem autentycznych elementów, rekonstrukcję kolorystycznego rozwiązania fasady na podstawie ujawnionych w okresie badań śladów oraz konserwację reliktów renesansowych malowideł ściennych we wnętrzu skrzydła północnego z zachowanymi herbami Łodzia biskupa Tomickiego. Odnowiona została również kamieniarka pałacowa.