Przez niektórych jest w związku z tym uważany za protoplastę minikomputerów, opinia o tyle uzasadniona, że CDC 160 był do pewnego stopnia pierwowzorem dla PDP-8, ważnego małego komputera lat sześćdziesiątych XX w.
Seymour Cray postawił sobie w CDC ambitne zadanie: w ciągu 5 lat skonstruować najszybszy komputer świata, co najmniej 50 razy szybszy niż 1604. Realizacja tego planu wymagała radykalnej zmiany konstrukcji i kłóciła się ze strategią rozwoju linii CDC 3000. Projekt Craya długo nie przynosił efektów i powodował narastanie konfliktu z zarządem, domagającym się ściślejszego nad nim nadzoru. Wreszcie Cray, za zgodą Norrisa, zebrał złożony z około 30 osób zespół i wyprowadził się z nim do swej rodzinnej miejscowości Chippewa Falls w stanie Wisconsin, gdzie dokończył pracę.
Era superkomputerów Seymour Cray oficjalnie zaprezentował swoje dzieło, komputer CDC 6600, w roku 1963. Uznany potem pierwszym w historii superkomputerem, CDC 6600 dzięki nowatorskim rozwiązaniom technicznym, był dziesięciokrotnie szybszy od najszybszych produktów konkurencji. Pierwsze egzemplarze tego modelu dostarczone zostały klientom w roku 1965. Obok 6600 oferowane były też: podobny technicznie, ale wolniejszy, CDC 6400 oraz CDC 6500, będący dwuprocesorową wersją 6400.