służył on jako izolacyjne więzienie karno-śledcze.
W latach 1939–1944 więzienie było aresztem niemieckiej policji bezpieczeństwa, w którym więziono m.in. żołnierzy WP, AK i Służby Bezpieczeństwa.
Od lipca 1944 przejęły je ponownie władze polskie. Do 1956 r. w więzieniu byli osadzeni żołnierze AK, Armii Andersa, uciekinierzy z ZSRR i opozycjoniści.
Natomiast od 1954 do 1965 r. placówka miała status więzienia centralnego (rola selekcyjno-transportowa, rozbudowa terytorialna, oddziały zewnętrzne). Stało się tak ponieważ zlikwidowano więzienie na Zamku w Lublinie.
Zarządzeniem Nr 83/67 CZW MS z dnia 28 marca 1967 r. w sprawie przekształcenia Aresztu Śledczego w Prudniku, Krasnymstawie i Chełmie Lubelskim więzienie w Chełmie zostało przekształcone na zakład karny.
Współpraca Zakład Karny w Chełmie współpracuje z (art.