Był też autorem publikacji w podziemnym czasopiśmie Instytutu Badań Jądrowych „W okopach” i w innej prasie podziemnej, a w latach 1986–1990 zamieszczał teksty na łamach paryskiej „Kultury”.
Od września 1960 do września 1973 znajdował się w operacyjnym zainteresowaniu Służby Bezpieczeństwa, ze względu na działalności w Sekcji Kultury warszawskiego Klubu Inteligencji Katolickiej. W 1964 SB planowała pozyskać go do współpracy przy okazji ubiegania się o paszport w związku z wyjazdem służbowym.
Z powodów politycznych odmawiano mu wydania paszportu w latach 1960 i 1970 (m.in. w 1960 i dwukrotnie w 1964). W okresie od 26 lutego 1966 do 14 października 1969 wobec M. Dakowskiego obowiązywało zastrzeżenie wyjazdów zagranicznych do Krajów Kapitalistycznych i poza Europę ze względu na „reakcyjne poglądy”, działalność w Klubie Inteligencji Katolickiej oraz kontakty z księżmi katolickimi.
Od 9 czerwca 1982 był rozpracowywany przez Służbę Bezpieczeństwa jako figurant w Sprawie Obiektowej „Atom”, w ramach której SB „kontrolowała operacyjnie” Instytut Badań Jądrowych w Świerku, powodem rejestracji było jego „destrukcyjne oddziaływanie na środowisko naukowe Instytutu”.