The Tonight Show (2009-2010) W 2009 roku przejął od Jaya Leno, który zaczął prowadzić nowy program The Jay Leno Show, słynne The Tonight Show. Program The Tonight Show with Conan O’Brien zadebiutował 1 czerwca, gośćmi w pierwszym odcinku byli Will Ferrell i zespół Pearl Jam. Program był kręcony w studiach Universal Studios w Hollywood. O’Brienowi ponownie towarzyszył zespół Maxa Weinberga, pod nową nazwą The Tonight Show Band. Wrócił również Andy Richter, tym razem wcielając się w rolę lektora. W styczniu 2010, w wyniku słabej oglądalności zarówno O’Briena, jak i Leno, NBC zdecydowało się przenieść oba programy o godzinę później. O’Brien nie zgodził się na taki układ, argumentując to tym, iż przeniesienie The Tonight Show na późniejszą godzinę naruszyłoby wieloletnią tradycję nadawania programu po wiadomościach lokalnych. W efekcie Jay Leno powrócił do prowadzenia Tonight Show, a O’Brien zakończył 16-letnią współpracę z NBC.