Pomimo obsadzenia wielu pozycji, projekt nadal nie miał przypisanego reżysera. Miyazaki, zajęty Totoro, rozważał wielu kandydatów, ale żaden nie wydał mu się odpowiedni do poprowadzenia tej produkcji. Studio Ghibli zatrudniło anonimowego scenarzystę, ale Miyazaki był niezadowolony z pierwszej wersji scenariusza, którą uznał za zbyt suchą i zbyt odmienną od jego wizji. Po sprzeciwie Miyazakiego studio odrzuciło tę wersję scenariusza.
Kiedy wreszcie ukończony film Mój sąsiad Totoro trafił na ekrany kin, Miyazaki mógł poświęcić więcej czasu Podniebnej poczcie Kiki. Zaczął od napisania scenariusza, a ponieważ film rozgrywa się w fikcyjnym kraju na północy Europy, wraz z kilkoma pracownikami wyruszył, by obejrzeć krajobrazy i potrzebne elementy scenografii. Ekipa odwiedziła między innymi Sztokholm, Adelajdę, Australię Południową i szwedzką wyspę Gotlandię. Architektura pokazanego w filmie miasta nawiązuje także do miast Irlandii, Paryża i tokijskiej dzielnicy Ginza.
Akcja filmu rozgrywa się w latach 50., w świecie alternatywnym, w którym nie miała miejsca II wojna światowa.