W rezultacie Kadono była na tyle niezadowolona ze zmian wprowadzonych w stosunku do książki, że filmowi groziło wstrzymanie produkcji na etapie scenariusza. Miyazaki wraz z producentem ze Studia Ghibli, Toshio Suzukim, odwiedzili autorkę, zapraszając ją do studia. Po wizycie w studio Kadono zdecydowała się wyrazić zgodę na kontynuację projektu. Pierwszy projekt scenariusza Miyazakiego został ukończony 18 czerwca 1988, wersja końcowa – 8 lipca 1988 roku. Wtedy też Miyazaki ogłosił, że ponieważ do tej pory miał tak duży wpływ na projekt, postanowił zająć się reżyserią filmu. Podniebna poczta Kiki początkowo była planowana jako produkcja 60-minutowa, ale po ukończeniu scenariusza rozrosła się do pełnowymiarowego filmu o długości 102 minut.
Słowo w japońskim tytule jest znakiem towarowym firmy transportowej Yamato Un’yu Kabushiki-gaisha, obecnie używanym jako synonim . Firma nie tylko udzieliła zezwolenia na wykorzystanie znaku towarowego (chociaż według japońskiego prawa takie zezwolenie nie jest wymagane), ale także chętnie podjęła się sponsorowania filmu, ponieważ jej logo przedstawia stylizowany obrazek czarnego kota, niosącego kociaka.