Teologia ISKCON wyznaje tradycyjną teologię gaudija wisznuizmu, ustaloną przez Ćajtanję Mahaprabhu (1486–1534) (uznawanego za awatarę Kryszny) i opracowaną oraz rozpowszechnioną przez jego uczniów, tzw. Sześciu Goswaminów, a zwłaszcza przez Dżiwę Goswamina w XVI w. Doktryna została skodyfikowana przez Bhaktiwinodę Thakura (1840–1911). ISKCON uznaje siebie za kontynuatora wielowiekowej sukcesji mistrzów duchowych guru i „czystych wielbicieli” Najwyższej Osoby Boga. Przez wyznawców innych odłamów hinduizmu ISKCON jest uznawane za jedną z wielu sampradaja.

Teologię gaudija wisznuizmu cechuje silne akcentowanie monoteizmu oraz bhakti, czyli osobistego i emocjonalnego związku z bogiem. Ponadto odrzucane są tradycyjny system kastowy (przynależność przez urodzenie) oraz doktrynalna mizoginia, cechująca wiele odłamów hinduizmu.