Populacje orangutanów z Borneo i Sumatry przez długi czas klasyfikowano jako podgatunki, jednak później podniesiono je do rangi odrębnych gatunków: orangutana borneańskiego (Pongo pygmaeus) i orangutana sumatrzańskiego (Pongo abelii) oraz orangutana tapanulijskiego (Pongo tapanuliensis) nieco mniejszego i jaśniejszego, z białymi włosami na talerzach policzkowych. Orangutana borneańskiego prymatolodzy dzielą na trzy podgatunki: orangutana sarawaskiego P. p. pygmaeus występującego w północno-zachodniej części wyspy, orangutana wschodnioborneańskiego P. p. morio spotykanego na północnym wschodzie (w malezyjskiej prowincji Sabah) i na wschodzie, oraz orangutana centralnoborneańskiego P. p. wurmbii, żyjącego w centralnej i południowej części indonezyjskiego Kalimantanu). Z kolei orangutany występujące na południe od jeziora Toba na Sumatrze są w odrębnym gatunku Pongo tapanuliensis (bliżej spokrewnionym z orangutanami z Borneo niż z pozostałymi sumatrzańskimi populacjami).