W lutym 1542 prowadził wraz z Martinem Bucerem rozmowy o reformach w arcybiskupstwie kolońskim. Jednak gdy będący zwolennikiem reformacji Bucer otrzymał zalecenia od arcybiskupa Hermana Wied by wygłosić ewangelickie kazanie w katedrze w Bonn, stał się przeciwnikiem Bucera. Gdy w 1543 r. arcybiskup koloński Herman Wied chciał wprowadzać reformacje w księstwie biskupim i zaprosił do Kolonii Filipa Melanchtona i innych ewangelickich teologów zdecydowanie się temu sprzeciwił i przy pomocy kapituły doprowadził do wygnania ewangelickich kaznodziejów oraz do złożenia arcybiskupa z urzędu w 1546 r. Następnie przy pomocy jezuitów prowadzi rekatolizację biskupstwa.
Szukając kompromisowych formuł w odniesieniu do teologii protestanckiej sformułował naukę o podwójnym usprawiedliwieniu, która została w 1546 odrzucona przez Sobór Trydencki. W 1552 brał udział w obradach tego soboru jako teolog. W 1555 Paweł IV kreował go kardynałem. Gropper początkowo odmawiał przyjęcia tej godności, ale ostatecznie papież zmusił go do zaakceptowania tej promocji.