W dyskach twardych dodatkowo możliwe jest wykluczenie uszkodzonych sektorów przez oprogramowanie samego dysku. Każdy współczesny dysk zawiera zapasowe sektory, którymi zastępuje te nieczytelne, wykryte w trakcie użytkowania. Proces ten nazywany jest remapowaniem lub realokacją i jest nieodwracalny (przywrócenie zastąpionych w ten sposób sektorów do użytku wymaga edycji firmware dysku, do edycji firmware potrzebne są specjalistyczne programy i sprzęt, różne, w zależności od producenta, modelu, serii i zastosowanego na dysku procesora). Proces przeprowadzany jest w tle, w trakcie używania dysku, ale można go również wymusić odpowiednimi programami. Tak zastąpione sektory przestają być widziane przez urządzenie obsługujące dysk, nie ma więc potrzeby pełnego formatowania lub sprawdzania powierzchni partycji na takim dysku innymi programami. Po wyczerpaniu puli zapasowych sektorów dalsze remapowanie nie jest możliwe. Ponieważ podczas realokacji przeprowadzana jest weryfikacja (zarówno odczyt, jak i zapis) zastąpione zostaną tylko sektory uszkodzone fizycznie.