W czasie II wojny światowej Nantou znajdowało się pod okupacją Cesarstwa Wielkiej Japonii. W 1953 roku do miasteczka Shenzhen przeniosły się władze nowo utworzonego hrabstwa Bao’an.
1979 rok – XXI wiek Shenzhen otrzymało uprawnienia miasta na prawach prefektury 23 stycznia 1979 roku. 16 maja 1980 roku w mieście powstała pierwsza w Chinach specjalna strefa ekonomiczna. W marcu 1981 roku Shenzhen stało się miastem na poziomie sub-prowincjonalnym (pod bezpośrednim zarządem władz prowincji). 1 grudnia 1990 roku została założona Giełda Papierów Wartościowych w Shenzhen. W październiku 1991 roku otwarto port lotniczy Shenzhen Bao’an. Pod koniec 2004 roku oddano do użytku pierwsze linie metra. W 2008 roku Shenzhen zostało członkiem Sieci Miast Kreatywnych UNESCO. W czerwcu 2010 roku w Narodowym Centrum Obliczeniowym zainstalowano superkomputer Nebulae, który w momencie oddania był drugim pod względem szybkości superkomputerem świata. Na początku lipca 2010 roku specjalna strefa ekonomiczna została rozciągnięta na całą aglomerację. Miasto było gospodarzem Letniej Uniwersjady w 2011 roku, w której udział wzięło ponad 10 tysięcy sportowców ze 152 krajów.