W 2004 roku wystartował w turnieju Pride Grand Prix, pokonując kolejno: byłego mistrza UFC i zwycięzcę Pride Grand Prix 2000 Marka Colemana, byłego mistrza UFC Kevina Randlemana oraz wielokrotnego mistrza świata judo, Japończyka Naoyę Ogawę. Każdą z tych trzech walk wygrał przez poddanie. W finale turnieju ponownie spotkał się z Nogueirą, ale po przypadkowym zderzeniu głowami, w wyniku którego Rosjanin doznał głębokiego rozcięcia na czole, walkę przerwano i uznano za nierozstrzygniętą. Pojedynek powtórzono w grudniu 2004 roku na gali Shockwave − ponownie wygrał Jemieljanienko przez jednogłośną decyzję sędziów.
W kwietniu 2005 roku Jemieljanienko zrewanżował się Kōsace, kiedy to na gali Pride Bushido 6 pokonał go przez techniczny nokaut. W sierpniu tego samego roku, na gali Final Conflict doszło do długo oczekiwanej walki z Mirko Filipoviciem. Rosjanin, w obawie przed znakomitymi umiejętnościami kick-bokserskimi Chorwata, trenował przez kilka tygodni boks tajski pod okiem Ernesto Hoosta, czterokrotnego mistrza K-1. Dzięki temu zaprezentował cały arsenał kopnięć i uderzeń, kontrolując walkę w stójce.