Początkowo agencja nosiła nazwę Global eMarketing, a jej pierwszym projektem był GeMius, system do mierzenia różnych wskaźników na stronach internetowych, który funkcjonował pod tą nazwą w latach 1999–2001.
W 2000 roku została stworzona strona Ranking.pl, na której zobaczyć można techniczne statystyki Internetu, w roku 2002 nazwa firmy została zmieniona na Gemius i funkcjonuje do dziś. W tym samym roku projekt GeMius zmienił swoją nazwę na gemiusTraffic, firma rozpoczęła rozbudowywanie oferty badawczej, dodając do niej nowe narzędzia takie jak gemiusDirectEffect, które służy do monitorowania kampanii reklamowych, zarządzania nimi i wprowadzania zmian w czasie rzeczywistym oraz gemiusAdHoc, które dostarcza wiedzę o zachowaniach konsumentów w sieci i ich społeczno-demograficznych profilach.
W 2004 r. Gemius połączył się z firmą Polskie Badanie Internetu (PBI). Badanie „Prawdziwy Profil” zostało przekształcone w badanie „Megapanel PBI/Gemius” – jego zadanie spełnia dziś narzędzie gemiusAudience – i w 2005 roku zaprezentowano wyniki badań zachowania i preferencje polskich internautów w sieci.