19 2000/01 Aston Villa Premiership 3 1 Łącznie w Jupiler League 224 127 Łącznie w Eredivisie 164 110 Łącznie w Premiership 3 1
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Belgii Nilis zadebiutował 26 marca 1988 roku w wygranym 3:0 meczu z Holandią, za selekcjonerskiej kadencji Guya Thysa. Swoją pierwszą bramkę w kadrze zdobył dopiero w swoim dwudziestym czwartym występie, 4 czerwca 1994 roku, a Belgia pokonała w sparingu Zambię 9:0. W tym samym roku został powołany przez selekcjonera Paula Van Himsta do kadry na finały Mistrzostw Świata w USA. Zagrał tam w trzech meczach: dwóch grupowych z Marokiem (1:0) oraz Arabią Saudyjską (0:1), a także przegranym 2:3 w 1/8 finału z Niemcami.
W 1998 roku Nilis pojechał na swój drugi wielki turniej, czyli Mistrzostwa Świata we Francji. W drużynie Georges’a Leekensa był zawodnikiem pierwszej jedenastki i zagrał we wszystkich meczach grupowych: z Holandią (0:0), z Meksykiem (2:2) oraz z Koreą Południową (1:1). W tym ostatnim strzelił gola na 1:0, jednak Belgia nie wyszła z grupy.