Instytut stał się wyspecjalizowaną placówką naukowo-badawczą prowadzącą badania nad dziejami oręża polskiego od czasów najdawniejszych do współczesności. Badania te obejmowały całokształt zagadnień związanych z obronnością państwa w okresie pokoju, jak i polski wysiłek zbrojny w konfliktach wojennych. Były one prowadzone z wykorzystaniem zasad historiografii marksistowskiej. WIH był jedyną placówką naukową prowadzącą kompleksowe badania nad dawną i najnowszą polską historią wojskową. Działalność WIH była krytykowana za „monopolizację historii wojskowości”.
Wojskowy Instytut Historyczny upowszechniał wyniki badań w dwóch wydawanych przez siebie periodykach: Wojskowym Przeglądzie Historycznym i Studiach i Materiałach do Historii Wojskowości. Instytut rozwijał współpracę z wojskowymi i cywilnymi uczelniami i instytucjami naukowymi. Współpracował także z zagranicznymi ośrodkami naukowymi, realizując wspólne tematy badawcze, organizując konferencje i sympozja naukowe lub biorąc w nich udział. Od 1965 roku historycy WIH zaczęli uczestniczyć w pracach Międzynarodowej Komisji Historii Wojskowej.
30 sierpnia 1972 Instytut otrzymał prawo nadawania stopni naukowych doktora nauk humanistycznych.