Wykluczeni z kościoła rzymskokatolickiego członkowie stowarzyszenia nie zaprzestali swojej działalności ewangelizacyjnej i podjęli starania w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych o rejestrację swojej wspólnoty jako niezależny Kościół. 1 lutego 1996 roku otrzymali wpis do rejestru związków wyznaniowych w dziale A pod numerem 107 jako Kościół Chrześcijański „Wieczernik” z siedzibą w Kielcach. Jego pastorką została Irena Stankiewicz.
W marcu 2021 dotychczasowy zespół liderów Kościoła tworzony przez Irenę Stankiewicz, Edwarda Ćwierza i Jacka Sierkę przekazał kierownictwo nad wspólnotą Annie Gulba, Dawidowi Kościukowi i Agnieszce Kościuk.
Doktryna Kościół Chrześcijański „Wieczernik” przyjmuje wiarę w Boga w trzech osobach – Ojca, Syna i Ducha Świętego. Według jego nauki osoby te dają się wyróżnić, ale pozostają nierozdzielne w swojej istocie, współistnieją i są równe w naturze, cechach, mocy i chwale.
Bóg uznawany jest za stwórcę wszelkiej materii oraz dawcę życia każdej istoty. Kościół wierzy, że człowiek został stworzony przez Boga na jego podobieństwo i obraz jako mężczyzna i kobieta.