W „skandalu tuberkulinowym” Ehrlich starał się wesprzeć Kocha, podkreślając przede wszystkim wartość tuberkuliny jako narzędzia diagnostycznego. W 1891 roku Robert Koch sprowadził Ehrlicha do nowo powstałego . Chociaż nie mógł zaoferować mu żadnego wynagrodzenia, Ehrlich miał pełny dostęp do personelu laboratoryjnego, pacjentów, chemikaliów i zwierząt laboratoryjnych, za co był zawsze wdzięczny.
Pierwsza praca nad odpornością