Otton w wieku sześciu lat stracił matkę. Jego wychowaniem zajął się Alfred Ludwig Freiherr von Degenfeld. Arcyksiążę był uczniem inteligentnym, ale niesfornym. Cieszył się większym niż Franciszek Ferdynand uznaniem ojca, co stało się powodem licznych niesnasek w rodzinieFriedrich Weissensteiner, Franz Ferdinand – Der verhinderte Herrscher. Österr. Bundesverlag, Wien 1983, S. 58–61..
Arcyksiążę Otto był bohaterem wielu skandali. Długo opowiadano w Wiedniu, jak pijany Otto, odziany tylko w wojskowe buty – ale za to z szablą u boku – przywitał w restauracji Sachera ambasadora brytyjskiego z rodziną. Otto Franciszek, choć prowadził życie obfitujące w skandale, odznaczał się wybitną inteligencją i troszczył się o swe dzieci. Cesarza Franciszka Józefa nie cieszyła perspektywa objęcia tronu przez starszego brata Ottona, Franciszka Ferdynanda, ale myśl, że następcą tronu mógłby zostać jego młodszy brat napawała go przerażeniem. Ostatnie dwa lata przed śmiercią przeleżał w łóżku, nie mając prawie żadnego kontaktu z publicznym życiem.