Ił-96-300 w standardowej konfiguracji dwuklasowej zabiera na pokład 262 pasażerów, w tym 18 miejsc z odstępem 54 cali (140 cm) między fotelami, pozostałe 244 miejsca z odstępem 32 cali (81 cm) w układzie 3-3-3. Możliwy jest także bardziej komfortowy układ 2-4-2. Choć cena katalogowa jednego Iła-96-300 jest około 30% niższa od popularnych zachodnich samolotów tej wielkości, to samoloty te nie są chętnie kupowane przez linie lotnicze.
W 2006 roku w służbie cywilnej było tylko 17 samolotów Ił-96 – 6 w liniach Aerofłot, 2 w KrasAir, 3 w Domodedovo Airlines, 1 w Atlant-Soyuz Airlines, 3 w Cubana de Aviación oraz 2 w Rossiya Airlines. Linie lotnicze Aerofłot oraz Transaero zostały zwolnione z podatku od sprowadzanych samolotów z zachodu, w zamian miały zamówić kilka sztuk samolotów Ił-96. Air Zimbabwe złożyły zamówienia na 5 maszyn Ił-96, jednak po rozmowach z władzami rosyjskimi zamówienia zostały anulowane.
11 sierpnia 2009 rosyjski minister przemysłu i handlu Wiktor Christienko ogłosił, że produkcja samolotów dalekiego zasięgu Ił-96 będzie anulowana ze względu na wyniki tych maszyn odbiegające od popularnych Airbusów i Boeingów. Ponadto zakłady produkcyjne nie wprowadziły masowej produkcji, co znacznie zmniejszyłoby koszty. Samoloty towarowe Ił-96T będą nadal produkowane.