W 1999 Ottey została zawieszona przez IAAF po tym, jak wykryto, że stosowała niedozwolony steryd anabliczny nandrolon. Rok później została jednak oczyszczona z zarzutów po tym, jak wykazano nieprawidłowości w laboratorium, które te badania przeprowadziło.
W tym samym okresie zawodniczka popadła w konflikt z rodzimą federacją lekkoatletyczną. W maju 2002 otrzymała obywatelstwo Słowenii, gdzie mieszkała i trenowała już od 1998. Wielokrotnie zdobyła złote medale mistrzostw Słowenii na różnych dystansach, ustanowiła także kilka rekordów kraju. Od 2002 reprezentowała swój nowy kraj na międzynarodowych zawodach, jednak już bez większych sukcesów (jedynym osiągnięciem był brązowy medal w finale biegu na 60 m podczas 9. Halowych Mistrzostwach Świata w Birmingham w 2003 z wynikiem 7,20 s).
W 2010 ustanowiła rekord świata weteranek powyżej 50. roku życia przebiegając dystans 100 metrów w czasie 11,95 s (poprzedni rekord w tej kategorii wiekowej był gorszy o 0,55), poprawiając później ten wynik na 11,84 s; 11,80 s i 11,67 s. Karierę sportową zakończyła po sezonie 2012.