W listopadzie 1939 (podczas okupacji hitlerowskiej) z inicjatywy ukraińskiego adwokata Harasimowa, burmistrza z nadania okupanta, około 100 rodzin żydowskich wypędzono za San. Władze sowieckie nie wpuściły ich na tereny okupowane przez ZSRR i po dwóch tygodniach wrócili. W sierpniu 1942 Niemcy deportowali Żydów z Pruchnika do getta w Birczy, a potem rozstrzelali ich w lasach w Wólce Pełkińskiej. Część z nich Niemcy wyprowadzili na cmentarz katolicki w Pruchniku i rozstrzelali. Po wojnie na miejscu ich śmierci umieszczono głaz na postumencie z napisem „Na tych polach w latach 1942–1943 hitlerowscy zbrodniarze zamordowali 67 osób narodowości żydowskiej. Pruchnik – wrzesień 1969”. Podczas okupacji hitlerowskiej, w grudniu 1940 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 600 Żydów. 5 lipca 1942 roku pozostawieni przez Niemców przy życiu Żydzi trafili do obozu przejściowego w Pełkiniach albo do obozu zagłady w Bełżcu. W mieście zachował się zdewastowany cmentarz żydowski.
Po walkach z okupacyjnymi wojskami niemieckimi miasto zostało zajęte przez wojska radzieckie 27 lipca 1944.
W latach 1954–1972 wieś była siedzibą gromady Pruchnik.