Pierwsza pewna wzmianka o dekanacie w Chojnicach pochodzi z 1410. Należał on pierwotnie do Archidiakonatu kamieńskiego. Krótko po rozpoczęciu reformacji i rozłamie Kościoła zachodniego w Chojnicach rozwinął się protestantyzm. Pod koniec lat 40. XIV wieku na skutek wyjazdów młodzieży na studia do Lipska, a także działalności kaznodziejów Kościół ten zyskał wielu wyznawców w mieście w tym burmistrza. Początkowo miejscowi katolicy z proboszczem fary na czele utrudniali życie protestantom, lecz już w 1555 chojnicka fara została przejęta przez protestantów. Wkrótce po tym protestanci mimo protestów katolików przejmowali kolejne świątynie. W tym okresie Chojnice straciły siedzibę dekanatu, a jego parafie zostały przyłączone do dekanatu Człuchów.
1617–1772 W 1617 siedziba dekanatu oficjalnie została przeniesiona z Człuchowa do Chojnic. W 1772 Chojnice, które stały się miastem powiatowym, straciły na rzecz Człuchowa siedzibę dekanatu. Przyczyną tego było zdobycie przez ewangelików większości w radzie miejskiej i przez to niechętna postawa rady do katolicyzm w mieście. 16 lipca 1821 dekanat człuchowski został wyłączony z archidiakonatu kamieńskiego i przyłączony do diecezji chełmińskiej. W 1821 ewangelicy stanowili 70% mieszkańców miasta. W 1873 nastąpił podział diecezji na cztery komisariaty biskupie.