W swoich ostatnich słowach skierowanych do matki powiedział „Mamusiu, powiedzieli mi, że jeśli wydam swoich albo będę konfidentem, to zaraz mnie wypuszczą, ale ja odmówiłem i oświadczyłem, że nigdy tego nie zrobię. Wtedy grozili rozstrzelaniem”Artykuł w Gazecie Wyborczej na podstawie wspomnień ks. Zygmunta Szczepaniaka w książce „Chciał służyć Bogu, Polsce i bliźnim”..
Został wywieziony na Stadion Leśny (kompleks leśny na terenie Pakosza), gdzie 21 września 1944 o godzinie 4.30 Niemcy dokonali rozstrzelania.
29 listopada 1945 na terenie Stadionu Leśnego, podczas prac ekshumacyjnych przy zbiorowej mogile, towarzyszący Komisji Ekshumacyjnej do spraw Zbrodni Hitlerowskich matka i brat Wojciecha odkopali przestrzeloną czaszkę w miejscu odległym kilkadziesiąt metrów od miejsca zbiorowego pochówku. Obecnie w miejscu odkrycia jego zwłok znajduje się symboliczna mogiła.