Pobożności prywatnej i korporacyjnej (cechowej, brackiej) służyły natomiast ołtarze boczne, usytuowane w prezbiterium, nawach oraz czterech kaplicach, przymurowanych do prezbiterium i korpusu nawowego w ciągu XV–XVII wieku. Miewały one własnych kapelanów (ołtarzystów), rekrutowanych zazwyczaj z kręgu farnych wikariuszy. Liczba ołtarzy podlegała wahaniom, od trzech w wieku XV do piętnastu w połowie XVIII stulecia (w 1597 r. było ich 11, w 1636 r. – 13, a w 1700 r. – znowu 11). Razem z kaplicami przetrwały do początku XIX wieku. Trzy z nich (Najświętszej Marii Panny, św. Barbary, św. Fabiana i św. Sebastiana) zachowało się do czasów obecnych.