Na przełomie XV i XVI wieku podwyższono dachy kościoła (obecna więźba dachowa pochodzi w części właśnie z XV–XVI wieku, posiada znaki cechów rzemieślniczych i wykonana jest z drewna sosnowego, spławionego Brdą i ciosanego na miejscu za pomocą toporów i skrobaczek) [dostęp 2013-07-22]., przekształcono szczyty, a prezbiterium zasklepiono sklepieniami gwiaździsto-sieciowymi. W tym też czasie po południowej stronie kościoła pojawiła się wieża, w widoczny sposób wtórnie dostawiona do korpusu nawowego.
W latach 1466–1617 do korpusu kościoła przybudowano również trzy czworoboczne kaplice boczne, czwartą zaś urządzono w dawnej kruchcie wejściowej przy prezbiterium. W 1559 r. na kalenicy dachu korpusu nawowego zainstalowano wieżyczkę na mały dzwon-sygnaturkę, odlany przez ludwisarza, mistrza Andrzeja. Kolejny dzwon zawieszono tam w 1668 r. W roku 1702 na miejscu pierwotnej wieżyczki osadzono nową, barokową, którą pokryto miedzianą blachą. Istnieje ona do dziś. Jest ośmioboczna i ma latarnię o baniastym zwieńczeniu. Nową sygnaturkę zamówiono dla niej u ludwisarza gdańskiego, Absaloma Wittwercka.