Dziesięć lat po śmierci Marii Walerii, 28 kwietnia 1934 w Wiedniu, Franciszek zawarł małżeństwo morganatyczne z Melanią von Risenfels (1898–1984).
23 lipca 1914 został mianowany przez cesarza generalnym inspektorem dobrowolnej służby pielęgniarskiej. thumb|Franciszek Salwator ze swoją żoną arcyksiężniczką Marią Walerią Małżeństwa i dzieci Z Marią Walerią Habsburg: Elżbieta (1892–1930) Franciszek Karol (1893–1918) Hubert Salwator (1894–1971) Jadwiga (1896–1970) Teodor Salwator (1899–1978) Gertruda (1900–1962) Maria (1901–1936) Klemens Salwator (1904–1974) Matylda (1906–1991) Agnieszka (1911–1911) Ze swoją kochanką Stefanią von Hohenlohe: Franciszek Józef von Hohenlohe-Schillingsfürst (1914–2008)
Najstarszy syn Franciszek Karol zmarł przedwcześnie 10 grudnia 1918. Nie ożenił się i nie zostawił potomstwa. Klemens Salwator z kolei 20 lutego 1931 roku ożenił się z hrabiną Elżbietą Resseguier de Miremont, z którą miał ośmioro dzieci. Z powodu tego małżeństwa musiał zrzec się nazwiska i wszelkich praw w porządku dziedziczenia. Dla siebie i swoich potomków przyjął nazwisko i tytuł księcia AltenburgMartha Schad, Kaiserin Elisabeth und ihre Töchter, München 2005, s. 154..