Organy Kempera okazały się rozmiarami znacznie większe od instrumentu Nitrowskiego: posiadały 43 głosy rozmieszczone także poza szafą organową. Stół gry połączono elektrycznie z organami i umieszczono go na posadzce katedry. W tym czasie Kemper wybudował również 13-głosowe organy chórowe, również połączone elektrycznie ze stołem gry, wspólnym dla obu instrumentów. Podczas II wojny światowej organy zostały zniszczone. W 1946 opiekę nad katedrą fromborską przejęli księża salezjanie. W 1960 ks. Józef Sianko, salezjanin metodą gospodarczą doprowadził oba instrumenty katedralne do stanu używalności. Pod koniec lat 70. XX w. pod nadzorem i według projektu prof. Jana Jargonia z Krakowa firma Kamińskich z Warszawy dokonała przeszeregowania dyspozycji, niektóre głosy wymieniono na inne, wykonane z wartościowszych materiałów. W tym czasie firma Kamińskich dobudowała do organów głównych dodatkową sekcję Brustwerku o 7 głosach, sterowaną IV manuałem oraz dzwony rurowe sterowane III manuałem, a organy chórowe zostały powiększone z 13 do 16 głosów. W ten sposób osiągnięto 66 głosową dyspozycję głosową. Z okazji świąt Bożego Narodzenia 2013 organy otrzymały odnowioną klawiaturę pedałową oraz nową ławkę z możliwością regulacji wysokości siedzenia. Prace wykonała firma Cynar z Wrocławia.