Na tym stanowisku był jednym z promotorów utworzenia AWF w Warszawie. Funkcję tę sprawował do marca 1929.Dziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 5 z 12 marca 1929. Następnie dowodził 36 pułkiem piechoty Legii Akademickiej w Warszawie. W styczniu 1931 wyznaczony został na stanowisko szefa Oddziału IV Sztabu Głównego WP. Później został mianowany zastępcą szefa Administracji Armii.
Sprawa Józefa Wójcika 2 czerwca 1929, w przeddzień święta 36 pułku piechoty Legii Akademickiej, miała miejsce uroczysta akademia. Po zakończonej akademii poczty sztandarowe maszerowały z Uniwersytetu do koszar pułku. Przed koszarami, gdy orkiestra pułkowa zaintonowała marsz My, Pierwsza Brygada poczty sztandarowe czterech warszawskich wyższych zakładów naukowych „wyłamały się z szeregów i odeszły na bok”.