Wskutek chaosu postępującego w kraju rebelianci i uczestnicy puczu zostali wyparci z miasta, ale w grudniu 1998 roku ponownie zaatakowali stolicę, walki trwały do stycznia 1999 roku. Mimo porażki we Freetown zbrojna opozycja zachowała kontrolę nad prowincją i kontynuowała walkę w 1999 roku po pojmaniu przez siły rządowe rebelianckiego przywódcy został przeprowadzony szturm na stolicę. Atakujący zostali porwani i ponieśli klęskę. Przejęciu władzy przez Front zapobiegły siły ECOMOG, które rozdzieliły walczące strony. Szturm na Freetown był jednym z ostatnich akordów rebelii. Dzięki pośrednictwu ECOWAS, 7 lipca 1999 roku w Lomé podpisano kolejne porozumienie pokojowe między rządem a RUF, przewidując zakończenie wojny domowej, przekształcenie RUF w partię polityczną oraz usunięciem z Sierra Leone wszystkich najemników. Nadzór nad realizacją porozumienia sprawowała misja ONZ w Sierra Leone (UNAMISL, United Nations Mission in Sierra Leone) licząca 13 tys. żołnierzy, w której główną rolę odgrywała Wielka Brytania. RUF nie zgodziła się na opuszczenie kontrolowanych przezeń kopalni diamentów i torpedował pokojowe wysiłki. W lipcu 2000 roku Rada Bezpieczeństwa ONZ wprowadziła zakaz importu diamentów z Sierra Leone. Pod presją międzynarodową, w listopadzie 2000 roku RUF zgodził się zawrzeć rozejm.