Wnętrze nakrywały dwa przęsła sześciodzielnego sklepienia żebrowego. Budynki klasztorne były powiązane z prezbiterium przez znajdujące się w jego północnej ścianie drzwi prowadzące do klasztoru. Korpus nawowy składał się z dwóch części. Nawa główna znajdowała się na przedłużeniu prezbiterium, a jej wymiary wewnętrzne wynosiły 22,5 x 11,45 m. Od południa przylegała do niej nawa boczna o szerokości 4,6 m zakończona we wschodniej części nieco szerszą kaplicą. Nawy były oddzielone arkadami wspartymi na filarach. Główną, o wysokości 16-17 m, nakrywał drewniany strop. Boczna miała wysokość 7 m, a prezbiterium 14 m.
Pozostałości ścian budynku klasztornego zostały odkryte w trakcie badań T.Kozaczewskiego, które odsłoniły średniowieczne mury jednego – wschodniego skrzydła klasztoru. Zabudowania klasztorne składały się z czterech skrzydeł zamykających regularny dziedziniec. Pokazują to: najstarszy plan Głogowa pochodzący z początku ХVII wieku, plany i rysunki z XVIII i XIX stulecia. Wschodnie skrzydło budynków klasztornych wychodziło poza skrzydło północne i