Premier próbował wykorzystać napięcia na linii ZSRR – Japonia na korzyść Mongolii i uwolnienia się spod dominacji radzieckiej. Już pod koniec 1935 roku Genden został wezwany do Moskwy, gdzie Stalin skarcił go za niestosowanie się do jego wytycznych. Później, będąc pod wpływem alkoholu, Genden mocno skarcił Stalina. Stalin w efekcie sporu z Gendenem coraz mocniej popierał Czojbalsana, a w 1936 roku doprowadził do aresztowania Gendena pod zarzutem szpiegostwa na rzecz Japonii.
Wyrok na Gendenie uruchomił falę czystek, które przeprowadzało radzieckie NKWD. Czojbalsan miał stosunkowo niewielki wpływ na działania służb, a jego próby ratowania przed wyrokami współpracowników były przez NKWD odrzucaneBBC Films. „Secrets of the Steppe”.. Ofiarami czystek padli też licznie mnisi buddyjscy i intelektualiści. Czystki zakończyły się w 1939 roku a ich ofiarami na skutek działań Czojbalsana padli na koniec działacze odpowiedzialni za ich przebieg.